要防止Advanced Installer中的MSIX安装文件覆盖子文件夹中的文件，可以使用以下代码示例：

1. 在Advanced Installer中创建一个新的Custom Action（自定义操作）。
2. 在Custom Action中使用C#代码来实现覆盖文件的逻辑。

下面是一个示例代码，可以在Custom Action中使用：

using System;
using System.IO;
using System.Windows.Forms;
using Microsoft.Deployment.WindowsInstaller;

namespace CustomActions
{
    public class CustomActions
    {
        [CustomAction]
        public static ActionResult CopyFiles(Session session)
        {
            try
            {
                string installDirectory = session["INSTALLDIR"]; // 获取安装目录
                string sourceDirectory = session["SourceDir"]; // 获取安装包中的文件源目录

                string[] filesToCopy = Directory.GetFiles(sourceDirectory, "*", SearchOption.AllDirectories);

                foreach (string file in filesToCopy)
                {
                    string relativeFilePath = file.Replace(sourceDirectory, ""); // 获取文件相对路径
                    string destinationFilePath = Path.Combine(installDirectory, relativeFilePath);

                    if (File.Exists(destinationFilePath))
                    {
                        session.Log("File already exists: " + destinationFilePath);
                        continue;
                    }

                    string destinationDirectory = Path.GetDirectoryName(destinationFilePath);
                    Directory.CreateDirectory(destinationDirectory);

                    File.Copy(file, destinationFilePath);
                    session.Log("File copied: " + destinationFilePath);
                }

                return ActionResult.Success;
            }
            catch (Exception ex)
            {
                session.Log("Error occurred during file copy: " + ex.Message);
                return ActionResult.Failure;
            }
        }
    }
}

要将此代码示例添加到Advanced Installer中，请按照以下步骤操作：

1. 打开Advanced Installer，打开项目。
2. 在“Custom Actions”（自定义操作）窗口中，右键单击“Managed Custom Actions”（托管自定义操作），选择“Add Managed Custom Action”（添加托管自定义操作）。
3. 在“Assembly File”（程序集文件）字段中，选择包含上述代码的DLL文件。
4. 在“Class Name”（类名）字段中，输入CustomActions.CustomActions。
5. 在“Method Name”（方法名）字段中，选择CopyFiles。
6. 保存并构建项目。

在安装过程中，此Custom Action将在复制文件时检查目标文件夹中是否已存在文件。如果文件已存在，则不会覆盖该文件，而是跳过继续复制其他文件。