adonis2的结果取决于变量的顺序，我该如何解释这些结果？
创始人
2024-07-28 15:30:06
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在R语言中，当运行adonis2时，结果可能会受到变量顺序的影响。假设我们有以下数据集：
library(vegan)
data(varespec)
data(varechem)
我们可以运行以下命令来运行adonis2：
adonis2(varespec ~ varechem$Al + varechem$Ca,METHOD="bray", permutations = 999)
这样运行adonis2的结果可能与我们改变变量顺序后运行adonis2的结果不同。例如，我们重新安排变量：
adonis2(varespec ~ varechem$Ca + varechem$Al,METHOD="bray", permutations = 999)
这可能会生成与之前不同的结果。
为了解决这个问题，我们可以使用permutational multivariate analysis of variance MANOVA进行多元方差分析。以下是一个示例代码：
manova(vegdist(varespec, method = "bray") ~ varechem$Al+varechem$Ca)
这样的结果不会受到变量顺序的影响，因此更可靠。
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