要解决ADF 12c中第二个应用程序不显示第一个应用程序的应用模块的问题，可以尝试以下解决方法：

1. 确保应用模块的ID在两个应用程序中是唯一的。在ADF中，每个应用程序模块都有一个唯一的ID，用于标识该模块。如果两个应用程序都使用了相同的应用模块ID，它们将会互相冲突并导致显示问题。确保每个应用程序模块都有不同的ID。

2. 检查应用模块在两个应用程序中的配置。确保在第二个应用程序中正确配置了第一个应用程序的应用模块。可以通过在第二个应用程序中手动添加应用模块的方式来确保其正确配置。

3. 检查应用程序的访问权限配置。在ADF中，可以通过访问权限控制来限制用户对应用程序模块的访问。确保第二个应用程序具有访问第一个应用程序的应用模块的权限。

以下是一个示例代码，用于在ADF 12c中手动添加应用模块到应用程序中：

// 获取应用程序模块
AppModuleImpl appModule = (AppModuleImpl)ADFUtils.getApplicationModule("AppModule1");

// 获取应用程序
ADFContext adfContext = ADFContext.getCurrent();
BindingContext bindingContext = adfContext.getBindingContext();
DCBindingContainer bindingContainer = (DCBindingContainer)bindingContext.getCurrentBindingsEntry();
ApplicationModuleConfig appModuleConfig = bindingContainer.getApplicationModuleConfig();
Application app = appModuleConfig.getApplication();

// 创建应用程序模块配置
AppModuleConfig amConfig = new AppModuleConfig();
amConfig.setName("AppModule1");
amConfig.setApplicationModule(appModule);

// 添加应用程序模块配置到应用程序
app.addAMConfiguration(amConfig);

这段代码将应用程序模块"AppModule1"手动添加到应用程序中。您可以将这段代码放置在第二个应用程序的初始化代码中，确保第一个应用程序的应用模块被正确显示。