在ggtree或ape中的phylogeny对象的末梢添加切片

在进化树的末梢添加切片可以通过在ggtree中使用geom_tippoint()或在ape中使用tiplabels()来完成。下面是ggplot2和ggtree包示例：

library(ggtree)

# 构建进化树对象
nwk_str <- "(((A,B),(C,D)),E);" 
tree <- read.tree(text=nwk_str)

# 构建数据框
df <- data.frame(label=tree$tip.label, value=c(1:5))

# 绘制进化树
p <- ggtree(tree) + theme_tree2()

# 使用geom_tippoint添加切片
p + geom_tippoint(data=df, aes(x=1, y=value))

在上面的代码中，数据框包含与进化树末梢标签(label)相对应的值。然后，使用ggtree()绘制进化树，接着使用theme_tree2()主题设置进行美化。最后使用geom_tippoint()将切片添加到进化树的末梢。

ape包示例：

library(ape)

# 构建进化树对象
nwk_str <- "(((A,B),(C,D)),E);" 
tree <- read.tree(text=nwk_str)

# 设定标签和值
lab <- tree$tip.label
val <- c(1:5)

# 建立向量
col <- c(rep('black', length(lab)-1), 'red')

# plot进化树
par(mar=c(2,2,2,2))
plot(tree, show.node.label=FALSE, cex=0.8, edge.width=2, main="")
tiplabels(lab, pch=8, adj=c(1.2, 1), col=col, frame='none')
edgelabels(pie=rep(1,length(lab)-1), radius=0.2, bg='transparent')
nodelabels(pie=rep(1,length(lab)-1), piecol=c(NA, "gray"), radius=0.15)
axisPhylo()
legend("right", title="Values", names(val), pch=8, col='red')

在上述示例中，我们首先使用read.tree()函数从字符串中构建进化树对象。然后，设定标签和值并建立一个颜色向量。接着使用plot()函数绘制进化树并设定元素的属性，如节点标签、边界标签、节点标记和图例等。最后使用tiplabels()函数添加切片到进化树末梢。