当Apache虚拟主机和CI（CodeIgniter）的.htaccess文件冲突时，可以尝试以下解决方法：

1. 确保Apache的虚拟主机配置文件中启用了重写模块（mod_rewrite）：

LoadModule rewrite_module modules/mod_rewrite.so

2. 确保CI的.htaccess文件被正确配置。以下是一个示例.htaccess文件：

RewriteEngine On
RewriteBase /your_project_directory/

# 如果请求的文件或目录存在，直接访问
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d

# 重写所有其他请求到index.php
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]

3. 确保Apache的虚拟主机配置文件中启用了AllowOverride选项，以允许.htaccess文件的重写规则生效。例如，如果你的虚拟主机配置文件是在/etc/apache2/sites-available/your_site.conf中，可以在其中添加以下内容：

    Options Indexes FollowSymLinks
    AllowOverride All
    Require all granted

4. 重启Apache服务器以使更改生效：

sudo service apache2 restart

这些步骤将帮助解决Apache虚拟主机与CI .htaccess冲突的问题。