问题描述：Android App在启动时，JNI调用的方法执行时间太长，导致启动时间过长。

解决方法：

1. 检查JNI调用的方法是否存在效率问题，可以通过性能分析工具（如Android Studio的Profiler工具）来定位性能瓶颈。

2. 尽量减少JNI调用的次数和数据传输的量，可以将多个JNI调用合并为一个，或者使用更高效的数据交互方式（如通过共享内存）。

3. 优化JNI方法的实现，可以考虑使用更高效的算法或数据结构，避免不必要的计算和内存分配等操作。

4. 使用线程池来管理JNI调用的线程，可以提高并发性能，减少启动时间。

5. 将一些耗时的JNI初始化操作延迟到需要时再执行，可以通过懒加载等方式来实现。

6. 考虑使用其他替代方案，如使用Java实现代替JNI调用，或者使用其他更高效的框架或库来替代原有的JNI实现。

示例代码：

// Java层代码
public class MyJNI {
    static {
        System.loadLibrary("my_jni_lib");
    }

    public native void myMethod();
}

// JNI层代码
#include 

JNIEXPORT void JNICALL Java_com_example_MyJNI_myMethod(JNIEnv* env, jobject obj) {
    // JNI方法实现
    // 可能存在效率问题的代码
}

在以上示例中，可以通过优化myMethod()方法的实现来提高JNI调用的效率。具体的优化方法会根据具体的业务逻辑和代码实现而有所不同。可以使用性能分析工具来找出存在性能瓶颈的地方，并进行相应的优化。