要通过意图触发带有多个途经点的独立导航应用程序，可以利用Android的Intent机制。以下是一个示例代码，演示如何使用Intent在Android中启动导航应用程序并设置多个途经点。

String startPoint = "起点的地址";
String endPoint = "终点的地址";
ArrayList waypoints = new ArrayList<>();
waypoints.add("途经点1的地址");
waypoints.add("途经点2的地址");
waypoints.add("途经点3的地址");

// 创建一个Intent对象，指定导航应用程序的action
Intent intent = new Intent(Intent.ACTION_VIEW);

// 设置导航应用程序的包名和类名
intent.setClassName("com.google.android.apps.maps", "com.google.android.maps.MapsActivity");

// 创建一个URI字符串，包含起点、终点和途经点的地址
String uriString = "google.navigation:q=" + startPoint + "&daddr=" + endPoint;

// 添加途经点到URI字符串
for (String waypoint : waypoints) {
    uriString += "+to:" + waypoint;
}

// 设置Intent的data字段为URI字符串
intent.setData(Uri.parse(uriString));

// 启动导航应用程序
startActivity(intent);

请注意，此示例使用了Google Maps应用程序作为导航应用程序的示例。您可以根据您使用的导航应用程序的要求进行更改。另外，确保在您的Android清单文件中添加相应的权限，以便启动外部导航应用程序。

此示例代码将起点、终点和途经点的地址作为字符串传递给导航应用程序。如果您已经有这些地址的经纬度坐标，可以直接使用坐标进行导航。