要解决“Android - 尽管有内联权限和清单权限，但无法从存储中读取文件“Permission Denied””的问题，您可以按照以下步骤进行操作：

1. 检查权限：首先，请确保在清单文件（AndroidManifest.xml）中添加了正确的权限。在这种情况下，您需要添加读取存储权限（READ_EXTERNAL_STORAGE）和写入存储权限（WRITE_EXTERNAL_STORAGE）。示例代码如下：

2. 请求运行时权限：在Android 6.0（API级别23）及更高版本中，您还需要请求运行时权限。您可以使用以下代码请求权限：

// 在onCreate或任何需要权限访问的地方
if (ContextCompat.checkSelfPermission(this, Manifest.permission.READ_EXTERNAL_STORAGE) != PackageManager.PERMISSION_GRANTED) {
    ActivityCompat.requestPermissions(this, new String[]{Manifest.permission.READ_EXTERNAL_STORAGE}, REQUEST_CODE);
}

请确保您在Activity中实现了onRequestPermissionsResult方法，并处理权限请求结果。

3. 使用正确的文件路径：确保您正在使用正确的文件路径。如果您正在尝试读取外部存储的文件，您可以使用Environment.getExternalStorageDirectory()来获取外部存储路径。示例代码如下：

File file = new File(Environment.getExternalStorageDirectory(), "file.txt");

4. 检查文件权限：如果您正在尝试读取或写入文件，请确保文件的权限设置正确。您可以使用以下代码设置文件权限：

file.setReadable(true); // 设置文件可读
file.setWritable(true); // 设置文件可写

请注意，如果您尝试访问应用程序的私有存储路径（例如getFilesDir()或getCacheDir()），则无需请求运行时权限。

5. 处理文件读取异常：如果您仍然遇到“Permission Denied”错误，请确保您在读取文件时捕获并处理可能的异常。示例代码如下：

try {
    FileInputStream fis = new FileInputStream(file);
    // 读取文件内容
    fis.close();
} catch (IOException e) {
    e.printStackTrace();
}

通过检查权限、请求运行时权限、使用正确的文件路径、检查文件权限和处理异常，您应该能够成功从存储中读取文件。