在使用 Biopython ncbi blast 函数时,可以使用以下代码将结果保存为非 .xml 格式的结果文件:
from Bio.Blast import NCBIWWW
from Bio.Blast import NCBIXML
# 在 NCBI 数据库中进行 blast
result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", "ATGCAGGAAGGCCGATGCTGACAACTTCAAGTCTTGACATCGCTCCTGGCTCGATCCCAGACGCCCGGGTGAGAATGGCGAGTCAGGCTTGCGGCTCGAGTGTGCGACTCCGGTGCCCGGGAAGAGC")
# 保存为文本文件
with open("blast_result.txt", "w") as out_handle:
out_handle.write(result_handle.read())
# 将结果文件解析成类对象
with open("blast_result.txt") as in_handle:
blast_record = NCBIXML.read(in_handle)
这样,就可以将结果文件保存为文本文件,然后使用 NCBIXML.read(in_handle)
将其解析成 blast_record
对象。该对象包含了可供 Python 轻松解释的有用信息。