可以使用Biopython中的SearchIO模块来解析NCBI BLAST的结果文件。以下是一个示例代码,它读取并解析BLAST的XML输出文件,并打印出每个匹配结果的相关信息:
from Bio import SearchIO
# 读取结果文件
result_handle = open("blast_results.xml")
# 使用SearchIO解析结果文件
blast_qresult = SearchIO.read(result_handle, "blast-xml")
# 打印每个匹配结果的相关信息
for hit in blast_qresult:
print(hit.id, hit.description, hit.evalue)
for hsp in hit:
print(hsp.query_start, hsp.query_end, hsp.hit_start, hsp.hit_end, hsp.evalue)
其中,SearchIO.read()方法将NCBI BLAST XML文件的文件句柄和格式作为参数,返回QueryResult对象。通过遍历这个对象的hit和hsp属性,可以直接访问BLAST输出文件的相关信息。