下面是一个示例代码，用于按第二级数组的计数对数组进行排序：

def sort_array(arr):
    # 使用sorted函数和lambda表达式按照第二级数组的计数对数组进行排序
    sorted_arr = sorted(arr, key=lambda x: len(x[1]))
    return sorted_arr

# 测试示例
arr = [[1, [4, 5, 6]], [2, [7]], [3, [8, 9]]]
sorted_arr = sort_array(arr)
print(sorted_arr)

输出:

[[2, [7]], [3, [8, 9]], [1, [4, 5, 6]]]

在上述代码中，我们定义了一个sort_array函数，该函数使用了sorted函数和一个lambda表达式作为key参数。lambda表达式lambda x: len(x[1])表示按照第二级数组的长度进行排序。然后我们调用sorted函数对数组进行排序，并返回排序后的数组。

在上面的示例中，原始数组arr的第二级数组的计数分别为3、1和2。经过排序后，数组变为[[2, [7]], [3, [8, 9]], [1, [4, 5, 6]]]。