在WooCommerce的update_checkout事件中计算运输时发生致命错误的解决方法是将计算运输的代码移动到正确的位置，确保在更新结账时进行计算。

以下是一个解决方法的代码示例：

// 将计算运输的代码移动到正确的位置
add_action('woocommerce_after_checkout_validation', 'calculate_shipping_on_update_checkout');

function calculate_shipping_on_update_checkout($posted_data) {
    // 确保在更新结账时进行计算
    if (isset($posted_data['shipping_method'])) {
        WC()->cart->calculate_shipping();
        WC()->cart->calculate_totals();
    }
}

在上述代码中，我们使用woocommerce_after_checkout_validation钩子来触发计算运输的代码。这是因为update_checkout事件是在验证之前触发的，所以在这个事件中计算运输可能会导致错误。通过将计算运输的代码移动到woocommerce_after_checkout_validation事件中，我们确保在更新结账时进行计算，并避免了可能的致命错误。

请注意，上述代码只是一个示例，你可能需要根据自己的需求进行适当的调整。