在JavaScript中，比较数组元素时可能会遇到以下问题：

1. 比较引用类型的数组元素时，使用"==="运算符只能比较它们的引用地址，而不是它们的值。

let arr1 = [1, 2, 3];
let arr2 = [1, 2, 3];
console.log(arr1 === arr2); // false

解决方法：使用JSON.stringify()方法将数组转换为字符串，然后再进行比较。

let arr1 = [1, 2, 3];
let arr2 = [1, 2, 3];
console.log(JSON.stringify(arr1) === JSON.stringify(arr2)); // true

2. 当数组中包含NaN时，使用"==="运算符进行比较会返回false。

let arr1 = [1, NaN, 3];
let arr2 = [1, NaN, 3];
console.log(arr1 === arr2); // false

解决方法：使用isNaN()函数对NaN进行特殊处理。

let arr1 = [1, NaN, 3];
let arr2 = [1, NaN, 3];

function compareArrays(arr1, arr2) {
  if (arr1.length !== arr2.length) {
    return false;
  }
  
  for (let i = 0; i < arr1.length; i++) {
    if (arr1[i] !== arr2[i] && !(isNaN(arr1[i]) && isNaN(arr2[i]))) {
      return false;
    }
  }
  
  return true;
}

console.log(compareArrays(arr1, arr2)); // true

3. 比较数组中的对象元素时，使用"==="运算符只能比较它们的引用地址，而不是它们的属性值。

let arr1 = [{name: 'Alice'}, {name: 'Bob'}];
let arr2 = [{name: 'Alice'}, {name: 'Bob'}];
console.log(arr1 === arr2); // false

解决方法：可以使用lodash等库的isEqual()方法进行深度比较。

let arr1 = [{name: 'Alice'}, {name: 'Bob'}];
let arr2 = [{name: 'Alice'}, {name: 'Bob'}];
console.log(_.isEqual(arr1, arr2)); // true

4. 比较无序数组时，无法通过"==="运算符直接比较。

let arr1 = [3, 2, 1];
let arr2 = [1, 2, 3];
console.log(arr1 === arr2); // false

解决方法：可以对数组进行排序，然后再进行比较。

let arr1 = [3, 2, 1];
let arr2 = [1, 2, 3];
console.log(_.isEqual(arr1.sort(), arr2.sort())); // true

以上是一些常见的比较数组元素时的问题及解决方法。根据具体的需求和情况，选择合适的方法来进行比较。