可以使用R语言中的dplyr包来进行比较两个数据框并替换列的值。下面是一个示例代码：

library(dplyr)

# 创建两个数据框
df1 <- data.frame(ID = c(1, 2, 3),
                  Value = c("A", "B", "C"))

df2 <- data.frame(ID = c(2, 3, 4),
                  Value = c("D", "E", "F"))

# 使用left_join函数将两个数据框合并
merged_df <- left_join(df1, df2, by = "ID")

# 替换Value列的值
merged_df <- merged_df %>%
  mutate(Value = ifelse(is.na(Value.y), Value.x, Value.y)) %>%
  select(-c(Value.x, Value.y))

# 输出结果
print(merged_df)

运行以上代码，将会得到以下输出：

  ID Value
1  1     A
2  2     D
3  3     E

在这个示例中，我们首先使用left_join函数将两个数据框按照ID列进行合并。然后使用mutate函数和ifelse语句来比较Value.x和Value.y列的值，并根据条件进行替换。最后使用select函数选择需要保留的列，并将不需要的列去除。