要比较两个Excel文件中的数据，并将对应的映射写入第三个文件中，可以使用Python的pandas库来实现。以下是一个代码示例：

import pandas as pd

# 读取第一个Excel文件
df1 = pd.read_excel('file1.xlsx')

# 读取第二个Excel文件
df2 = pd.read_excel('file2.xlsx')

# 比较两个文件的数据，并将映射写入第三个文件
result = pd.merge(df1, df2, on='key_column')

# 将结果写入第三个Excel文件
result.to_excel('output.xlsx', index=False)

在代码中，需要将'file1.xlsx'和'file2.xlsx'替换为实际的文件路径。此外，'key_column'需要替换为实际的用于比较的列名。

这段代码首先使用pandas的read_excel()函数读取两个Excel文件中的数据，并将它们存储为DataFrame对象（df1和df2）。然后，使用pd.merge()函数根据指定的列（'key_column'）将两个DataFrame对象进行合并。最后，将合并结果使用to_excel()函数写入第三个Excel文件（'output.xlsx'），并通过设置index=False来避免写入索引列。

请注意，运行此代码之前，需要先安装pandas库。可以使用以下命令进行安装：

pip install pandas