要在分层绘图中对齐轴，可以使用set_xlim()和set_ylim()方法来设置每个轴的范围。下面是一个使用Altair库的示例代码：

import altair as alt
import pandas as pd

# 创建示例数据
data = pd.DataFrame({
    'x': [1, 2, 3, 4, 5],
    'y': [10, 20, 30, 40, 50],
    'category': ['A', 'A', 'B', 'B', 'C']
})

# 创建图表
chart = alt.Chart(data).mark_point().encode(
    x='x',
    y='y',
    color='category'
).properties(
    width=500,
    height=300
)

# 获取数据范围
x_range = (data['x'].min(), data['x'].max())
y_range = (data['y'].min(), data['y'].max())

# 创建分层图表
layered_chart = chart.facet(
    row=alt.Row('category', title=None),
    data=data
).resolve_scale(
    y='independent'
).configure_axis(
    grid=False
).configure_view(
    stroke=None
)

# 对齐轴
layered_chart = layered_chart.configure_axis(
    labelFontSize=14,
    titleFontSize=16
).configure_scale(
    bandPaddingInner=0.2,
    bandPaddingOuter=0.2
).configure_facet(
    spacing=0
).configure_view(
    stroke=None
).configure_concat(
    spacing=0
).configure_scale(
    domainPadding=0.1
).configure_axisX(
    domain=False,
    tickSize=0,
    labelPadding=10,
    titlePadding=10,
    offset=0
).configure_axisY(
    domain=True,
    tickSize=8,
    titlePadding=10,
    offset=0,
    orient='right'
).resolve_scale(
    y='independent'
)

# 设置轴范围
layered_chart = layered_chart.configure_scale(
    x=alt.Scale(domain=x_range),
    y=alt.Scale(domain=y_range)
)

# 显示图表
layered_chart.show()

这段代码创建了一个包含分层绘图的示例。首先，我们使用Altair库创建了一个基本的散点图，然后通过facet()方法将其分成不同的图层（按照category列的值）。接下来，我们使用resolve_scale()方法将y轴设置为独立缩放，并使用configure_axis()和configure_view()方法对图表的外观进行了一些设置。最后，我们使用configure_scale()方法和configure_axisX()、configure_axisY()方法来对齐轴，并使用configure_scale()方法和configure_scale()方法来设置轴的范围。

请注意，这只是一个示例代码，您可能需要根据您的具体需求进行调整。