在Angular Material Design和Ionic 3中，如果主题颜色不起作用，可能是由于以下原因：

1. 没有正确导入主题样式文件。确保在项目的styles.scss或styles.css文件中正确导入主题样式文件。例如：

@import '~@angular/material/prebuilt-themes/indigo-pink.css';

2. 没有正确配置主题。在app.module.ts文件中，确保导入了MatButtonModule，并在imports数组中添加了MatButtonModule。例如：

import { MatButtonModule } from '@angular/material/button';

@NgModule({
  declarations: [
    // ...
  ],
  imports: [
    // ...
    MatButtonModule,
  ],
  // ...
})
export class AppModule { }

3. 没有正确应用主题样式。在HTML模板中，使用Angular Material Design提供的组件时，确保添加了正确的主题类。例如：

Primary Button

在这个示例中，color属性设置为"primary"，将按钮的颜色设置为主题中定义的主要颜色。

4. 在Ionic 3中，还需要确保Ionic的主题样式文件正确导入，并在styles.scss或styles.css文件中正确引用。例如：

@import '~@ionic/angular/css/ionic.bundle.css';

通过检查以上几个方面，您应该可以解决Angular Material Design和Ionic 3中主题颜色不起作用的问题。请根据您的具体情况进行调整和排查。