要解决AgileDotNet混淆代码调用错误的函数问题，可以考虑以下方法：

1. 检查混淆配置：确保混淆器配置正确。检查是否正确设置了需要保留的方法和类，以及是否正确排除了不应混淆的代码。

2. 反混淆工具：使用专门的反混淆工具，如de4dot，来尝试还原混淆后的代码。这些工具可以帮助还原被混淆的函数和类，使其可调用和理解。

以下是使用de4dot工具的示例代码：

de4dot -r [path_to_obfuscated_assembly] -o [output_path]

其中，[path_to_obfuscated_assembly]是混淆后的程序集路径，[output_path]是还原后的程序集输出路径。

3. 符号重命名工具：使用符号重命名工具，如ReSharper或Dotfuscator等，来重新命名混淆后的函数和类。这样可以确保函数调用的准确性，并避免调用错误的函数。

4. 手动修复：如果以上方法都无法解决问题，可能需要手动检查和修复代码。可以通过比较混淆前后的代码，查找混淆后的函数调用错误，并手动修复它们。

请注意，混淆代码是为了保护软件的知识产权和安全性，因此解混淆工作可能需要一定的技术知识和经验。在进行解混淆操作之前，建议备份原始代码和混淆后的代码，以防止不可逆的损失。