afterPropertiesSet方法可以用来在Bean的初始化阶段进行一些特定的操作，如属性的初始化等。但它并不能保证内部属性也被初始化。

下面的代码示例可以说明这个问题：

public class OuterBean implements InitializingBean {
    private InnerBean innerBean;
    
    public void setInnerBean(InnerBean innerBean) {
        this.innerBean = innerBean;
    }
    
    @Override
    public void afterPropertiesSet() throws Exception {
        System.out.println("OuterBean initialized.");
    }
}

public class InnerBean {
    private String name;
    
    public void setName(String name) {
        this.name = name;
    }
    
    public void initMethod() {
        System.out.println("InnerBean initialized.");
    }
}

@Configuration
public class AppConfig {
    @Bean
    public OuterBean outerBean() {
        OuterBean outerBean = new OuterBean();
        outerBean.setInnerBean(innerBean());
        return outerBean;
    }
    
    @Bean
    public InnerBean innerBean() {
        InnerBean innerBean = new InnerBean();
        innerBean.setName("inner");
        return innerBean;
    }
}

在上面的例子中，OuterBean实现了InitializingBean接口并重写了其中的afterPropertiesSet方法。InnerBean没有实现该接口，但定义了一个initMethod方法作为初始化方法。在配置类中，通过@Bean方法将OuterBean和InnerBean注入到Spring容器中，然后再将InnerBean注入到OuterBean中。

当容器启动时，OuterBean和InnerBean都被创建，并且OuterBean的afterPropertiesSet方法被执行。但是，InnerBean的初始化方法并没有被调用。这是因为Spring只会对实现了InitializingBean接口的Bean执行afterPropertiesSet方法，对于普通的Bean初始化方法不会自动调用。

因此，在使用afterPropertiesSet方法进行Bean初始化时，需要注意内部属性的初始化也需要自己手动管理。一种解决方法是在配置类中对内部属性进行初始化，另一种方法是将内部属性也实现InitializingBean接口并在afterPropertiesSet方法中进行初始化。