在AEM 6.3中，Jenkins构建过程中Filter.xml合并模式可能不被尊重的问题可以通过以下解决方法进行修复：

1. 确保项目的Filter.xml文件位于正确的位置。在AEM 6.3中，默认的Filter.xml文件应该位于/src/main/content/META-INF/vault/filter.xml路径下。请确保文件路径正确并且文件存在。

2. 检查Filter.xml文件的格式和内容。确保Filter.xml文件正确配置了要排除的文件和文件夹，以及要包含的文件和文件夹。确保使用正确的语法和标签。

下面是一个示例的Filter.xml文件：

上面的示例中，Filter.xml文件定义了要包含的根路径，以及要排除的文件和文件夹。

3. 清理并重新构建项目。在Jenkins构建过程中，首先尝试删除目标文件夹，然后再重新构建项目，以确保新的Filter.xml文件可以正确应用。

4. 检查Jenkins的构建配置。确保Jenkins的构建配置正确设置了Filter.xml文件的路径和合并模式。确保配置中的路径与实际项目中的路径一致。

以上是解决"AEM 6.3 - Jenkins构建中Filter.xml合并模式不被尊重"问题的一些常见方法。根据具体情况，可能需要进一步调查和调试才能找到解决方案。