在Autohotkey中，可以使用“#IfWinActive”命令为特定程序或窗口设置热键。例如，以下代码将“Capslock”键重新映射为“Esc”键，但仅在“Notepad”窗口处于活动状态时才生效。

#IfWinActive, ahk_class Notepad Capslock::Esc #IfWinActive

按照这个思路，我们可以解决重新映射键冲突的问题。首先，我们需要找到导致问题的已知重新映射键和目标键。然后，我们可以使用“#IfWinActive”命令为不同的程序或窗口设置独立的热键。以下是示例代码：

; 左Alt键重新映射为Control键 #IfWinActive, ahk_exe chrome.exe ; Chrome浏览器 LAlt::LCtrl #IfWinActive, ahk_exe notepad.exe ; Notepad文本编辑器 LAlt::RCtrl #IfWinActive

在此示例中，我们将左Alt键重新映射为Control键，但在不同的程序中使用不同的映射。在Chrome浏览器中，左Alt键将被映射为左Ctrl键，而在Notepad中则将被映射为右Ctrl键。这样，当我们在不同的程序中使用左Alt键时，就不会出现映射冲突的问题了。