要解决AutoHotKey覆盖Surface Pen无法工作的问题，您可以尝试以下方法：

1. 禁用AutoHotKey脚本：将AutoHotKey脚本暂时禁用，以确保它不会干扰Surface Pen的工作。您可以右键单击AutoHotKey图标，选择“退出”来完全停止脚本运行。

2. 编写特定的AutoHotKey脚本：如果您需要使用AutoHotKey脚本，可以编写一个特定的脚本来仅在需要时禁用Surface Pen的覆盖功能。下面是一个示例脚本：

#IfWinActive ahk_class Windows.UI.Core.CoreWindow
; 将 ahk_class Windows.UI.Core.CoreWindow 替换为您需要禁用Surface Pen的应用程序的类名

F20::
    ; 在此处插入您的自定义操作
    return

#IfWinActive

在此示例中，按下F20键时，AutoHotKey脚本将执行您在“; 在此处插入您的自定义操作”下方的自定义操作。你可以根据自己的需求修改这部分代码。

3. 使用其他工具：如果您发现AutoHotKey与Surface Pen不兼容，您可以尝试使用其他工具来实现类似的功能，例如Tablet Pro或StrokeIt。这些工具可能具有更好的兼容性和更多的自定义选项。

请注意，这些方法可能因系统配置和软件版本而有所不同。确保在使用任何脚本或工具之前备份您的数据，并在操作之前阅读相关文档。