1. 仔细阅读警告信息，并查找官方文档中对应使用新 API 的方式。
2. 使用 Linter 插件来扫描并修复弃用的代码。
3. 使用替代的插件或包，以避免使用弃用的包或 API。例如，如果您使用了已弃用的Atom Beautify插件，可以考虑使用更现代化的插件或包，例如 Atom Prettier。
4. 如果需要编写您自己的 Atom 插件，建议使用最新的API和规范，以避免使用不赞成的API。示例如下：

// 避免使用已被弃用的 atom.workspaceView API
// 使用新的 atom.workspace.onDidStopChangingActivePaneItem API
atom.workspaceView.onDidStopChangingActivePaneItem(function() {});

// 使用新的API替换，以避免使用不赞成的setStatusBarTile方法
// 使用新的 atom.workspace.addFooterPanel API 
atom.workspaceView.setStatusBarTile('Hello World!'); 

// 使用现代API注册命令
// 以避免不赞成的命令注册方式
atom.workspaceView.command("custom:command", function() {});