atom.GetIdx()
和Chem.CanonicalRankAtoms()
都是在RDKit中用于分子操作的函数,但它们的功能和输出有一些区别。
atom.GetIdx()
是一个Atom对象的方法,用于返回该原子在其所属分子中的索引。它返回一个整数值,表示原子在分子中的位置。以下是一个示例代码:
from rdkit import Chem
mol = Chem.MolFromSmiles('CC(=O)O')
atom = mol.GetAtomWithIdx(0)
atom_index = atom.GetIdx()
print(atom_index)
输出结果为:
0
Chem.CanonicalRankAtoms()
是一个RDKit中的函数,用于对分子中的原子进行排序,并返回排序后的原子索引列表。它基于一种标准化算法,确保不同表示方式下的相同分子具有相同的排序结果。以下是一个示例代码:
from rdkit import Chem
mol = Chem.MolFromSmiles('CC(=O)O')
atom_ranks = Chem.CanonicalRankAtoms(mol)
print(atom_ranks)
输出结果为:
(0, 1, 2, 3)
可以看到,Chem.CanonicalRankAtoms()
返回了一个元组,其中包含了分子中原子的排序结果。
所以,atom.GetIdx()
返回的是原子的索引值,而Chem.CanonicalRankAtoms()
返回的是原子的排序结果。