Adonis函数DF如何随不同因素组合而更改?
创始人
2024-07-28 15:31:30
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Adonis函数(adonis2)是用于非参数多元方差分析(PERMANOVA)的R软件包vegan中的函数之一。DF代表自由度,表示样品和因素之间的关系可以自由波动的程度。当使用Adonis函数时,可以设置多个因素和交互项的组合以探究它们对样品组分析的影响。下面是一个简单的示例,展示了如何根据不同的因素组合,计算Adonis函数的DF值:

library(vegan)

# 生成一个假数据集
data(dune)

# 设置三个因素组合
mod1 <- adonis2(dune ~ Management, perm=999)
mod2 <- adonis2(dune ~ Management + Moisture, perm=999)
mod3 <- adonis2(dune ~ Management*Moisture, perm=999)

# 查看三个模型的DF值
mod1$aov.tab[1,"Df"]
mod2$aov.tab[1,"Df"]
mod3$aov.tab[1,"Df"]

结果将显示每个模型中的DF值,以表明不同的因素组合如何影响Adonis函数的输出。在这个例子中,通过逐步添加Moisture因素和交互项,DF值逐渐增加,这意味着这些因素对样品组成分析的影响越来越显著。

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