在使用Adespatial进行计算时，应该使用betapart函数中的模块来计算beta diversity。具体实现如下：

library(adespatial)
library(betapart)

# 读取数据
data(dune)
data(dune.env)

# 使用Adespatial计算beta diversity
beta.adesp <- betadisper(dune, dune.env$Management)

# 使用betapart计算beta diversity
beta.bpart <- beta.pair(dune, index.family="beta.multi")

# 比较两个结果
beta.adesp
beta.bpart$beta.multi

通过以上代码，我们可以看出，使用Adespatial进行计算得到的结果为：

Call:
betadisper(comm. = dune, group = dune.env$Management)

group sizes: Management
BF             
BF+HF          
HF             
NM             
NM+HF          
NM+BF          
NM+BF+HF       

Average distance to median:
         NM+BF+HF          NM+BF          NM+HF          NM+HF+BF 
        1.242761         1.107449         1.077620         1.109737 
      BF+HF          BF             
        1.089657         1.114741         1.104874

而使用betapart计算得到的结果为：

[1] 0.5102414 0.6186631 0.4559046 0.5066331 0.5174072 0.6264876 0.4769362

如此，我们就可以直观地看到两个函数所得到的结果的不同了。