在Apollo服务器中设置多个"Set-Cookie"头部的方法是通过在响应头部中设置多个"Set-Cookie"字段。下面是一个使用Node.js和Express框架的代码示例：

const express = require('express');
const app = express();

app.get('/', (req, res) => {
  res.set('Set-Cookie', ['cookie1=value1', 'cookie2=value2']);
  res.send('Hello World!');
});

app.listen(3000, () => {
  console.log('Server is running on port 3000');
});

在上面的示例中，我们使用Express框架创建了一个简单的HTTP服务器。当收到GET请求时，我们在响应头部中设置了两个"Set-Cookie"字段，每个字段表示一个cookie。你可以根据需要设置更多的cookie。

请注意，res.set('Set-Cookie', ['cookie1=value1', 'cookie2=value2'])方法中的第一个参数是"Set-Cookie"，第二个参数是一个包含多个cookie字符串的数组。

当客户端收到这个响应时，它会将这些cookie存储在浏览器中，并在后续的请求中自动发送这些cookie。