Addingdecorate_annotationtoverticaljoinedupsetplotswithinComplexHeatmappackage
创始人
2024-07-26 18:00:18
0

在ComplexHeatmap包中,添加decorate_annotation到垂直连接的upset图中,可以按照以下步骤进行设置。

首先,需要安装ComplexHeatmap包:

install.packages("ComplexHeatmap")

存储需要使用的数据data和类别标签categories,并载入ComplexHeatmap包:

library(ComplexHeatmap)
data = matrix(rnorm(100, 10, 1), ncol = 10)
colnames(data) = paste0("Category", 1:10)
categories = c("A", "A", "B", "C", "C", "C", "D", "D", "E", "E")

接下来,可以通过upset_plot()函数创建upset图,并设置decorate_annotation参数:

upset = upset_plot(data, 
                   categories = categories, 
                   nsets = 5, 
                   order_by = "freq", 
                   empty_size = 0.5, 
                   main = "Upset plot")

其中decorate_annotation可以设置为一个ggplot对象,以改变注释的外观和位置。下面的示例将annotate()函数添加到decorate_annotation中,以在图中添加注释:

decorate_annotation = ggplot2::annotate("text", 
                                         x = 2, 
                                         y = 3.5, 
                                         label = "My annotation", 
                                         size = 4, 
                                         color = "black")
upset = upset_plot(data, 
                   categories = categories, 
                   nsets = 5, 
                   order_by = "freq", 
                   empty_size = 0.5, 
                   main = "Upset plot", 
                   decorate_annotation = decorate_annotation)

最后,可以使用draw()函数将upset图绘制出来:

draw(upset)

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