如果在Apache配置文件中使用正则表达式时发生不兼容问题，可以尝试以下解决方法：

1. 确保Apache版本支持正则表达式：首先检查Apache的版本是否支持正则表达式。某些较旧的Apache版本可能不支持某些正则表达式语法，因此升级到较新的Apache版本可能会解决兼容性问题。

2. 转义特殊字符：在使用正则表达式时，确保正确转义特殊字符。例如，如果您想匹配一个点(.)，您应该使用\来转义它，即.

3. 使用反向引用：如果您在正则表达式中使用了括号捕获组，确保在替换字符串或条件中正确使用反向引用。例如，如果您在正则表达式中使用了"(pattern)"括号捕获组，您可以在替换字符串中使用$1来引用它。

以下是一个使用正则表达式的Apache Rewrite规则的示例，其中包含了以上解决方法：

RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^(.*)$ index.php?url=$1 [QSA,L]

在这个示例中，我们使用正则表达式^(.*)$来匹配URL。如果URL不是一个现有的文件（RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f），则将其重写为index.php?url=$1（其中$1是正则表达式中的捕获组）。

请注意，具体的解决方法可能因使用的Apache版本和实际问题而有所不同。因此，根据实际情况进行调整和尝试可能是解决问题的最佳方法。