如果使用Apache Commons Exec时遇到CPU使用率过高的问题，可能是由于进程没有正确结束导致的。以下是一种解决方法，包含代码示例：

import org.apache.commons.exec.*;

public class ExecExample {

    public static void main(String[] args) {
        DefaultExecutor executor = new DefaultExecutor();
        executor.setExitValue(0);

        CommandLine command = new CommandLine("your_command_here");

        ExecuteWatchdog watchdog = new ExecuteWatchdog(3000); // 设置超时时间为3秒
        executor.setWatchdog(watchdog);

        try {
            int exitValue = executor.execute(command);
            System.out.println("Exit Value: " + exitValue);
        } catch (ExecuteException e) {
            // 处理执行异常
            e.printStackTrace();
        } catch (Exception e) {
            // 处理其他异常
            e.printStackTrace();
        } finally {
            executor.getWatchdog().destroyProcess(); // 结束进程
        }
    }
}

在上面的示例中，我们使用DefaultExecutor类创建一个执行器，并设置了期望的退出值为0。然后，我们创建一个CommandLine对象来指定要执行的命令。接下来，我们创建了一个ExecuteWatchdog对象并将其设置为执行器的监视器，设置了一个超时时间为3秒。

在执行命令之后，我们捕获可能抛出的ExecuteException和其他异常，并在finally块中调用destroyProcess()方法来结束进程。这样可以确保在执行完命令后，进程会正确地结束，避免CPU使用率过高的问题。

请将your_command_here替换为实际要执行的命令。