问题出现的原因是DML操作以及查询同步进行，这可能会导致数据不一致。解决方法是，在从.txt文件读取SQL查询时，在查询完成之后再进行DML操作。

以下提供一个代码示例：

import java.io.BufferedReader; import java.io.File; import java.io.FileReader; import java.sql.Connection; import java.sql.DriverManager; import java.sql.PreparedStatement; import java.sql.ResultSet;

public class QueryFromFile {

public static void main(String[] args) {
    try {
        File file = new File("query.sql");
        BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(file));
        Connection conn = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql://localhost:3306/test", "root", "");
        String line = null;
        StringBuilder sb = new StringBuilder();
        while ((line = reader.readLine()) != null) {
            sb.append(line);
        }
        PreparedStatement statement = conn.prepareStatement(sb.toString());
        ResultSet resultSet = statement.executeQuery();
        while (resultSet.next()) {
            // Read data from result set
        }
        // Close connections
        resultSet.close();
        statement.close();
        conn.close();
    } catch (Exception e) {
        e.printStackTrace();
    }
}

}

在这个例子中，我们首先从.query.sql文件中读取SQL查询语句，然后创建一个PreparedStatement对象，并执行查询。在查询完成之后，可以执行任何其他DML操作。

这样就可以避免同时进行DML操作和查询所带来的风险，保证数据的一致性。