在Android中，FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK标志用于启动一个新的任务栈，并将活动放入该任务栈中。当使用此标志启动活动时，该活动不会恢复先前的实例，并且不会调用onNewIntent方法。如果需要在新任务栈中启动活动并调用onNewIntent方法，可以使用以下解决方案：

1. 在启动活动时，使用Intent的addFlags方法添加FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP和FLAG_ACTIVITY_SINGLE_TOP标志。

Intent intent = new Intent(context, YourActivity.class);
intent.addFlags(Intent.FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK | Intent.FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP | Intent.FLAG_ACTIVITY_SINGLE_TOP);
context.startActivity(intent);

2. 在活动的onCreate方法中，检查是否有新的意图，并调用onNewIntent方法。

@Override
protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
    super.onCreate(savedInstanceState);
    
    handleNewIntent(getIntent());
}

@Override
protected void onNewIntent(Intent intent) {
    super.onNewIntent(intent);
    
    handleNewIntent(intent);
}

private void handleNewIntent(Intent intent) {
    // 处理新的意图
}

通过添加FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP和FLAG_ACTIVITY_SINGLE_TOP标志，可以确保活动在新任务栈中启动，并且在已存在的活动实例上调用onNewIntent方法。