不理解,期望的形状=(None,None,1100),但实际形状为=(1,29907,1),对LSTM输入形状感到困惑?(数据是基因组序列)
创始人
2024-12-26 14:30:51
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这条错误信息说明期望的输入形状为(None, None, 1100),但实际得到的输入形状为(1, 29907, 1),因此代码中需要对输入数据进行reshape或重新处理。

基因组序列的输入数据通常是一个n x 4的矩阵,其中n是序列长度,4是四种碱基(A,T,C和G)的编码。对于LSTM模型,我们需要把这个序列转换成一个三维张量(batch_size, time_steps, input_dim),其中batch_size是输入数据的数量,time_steps是时间步数,input_dim是每个时间步上的输入维度。在这个错误信息中,预期输入的time_steps维度为None,即时间步数可以是任意值,但得到的输入却具有固定的time_steps值。因此,需要重新处理数据,根据LSTM模型的要求对其进行reshape。

下面是一些可能的解决方案:

  1. 如果在读入数据时,您已经使用numpy将输入数据转换为独热编码,那么可以使用以下代码将其转换为期望的形状:(假设输入数据已经读入到名为X的变量中)
import numpy as np
X = np.reshape(X, (X.shape[0], X.shape[1], 4))

这个操作将把输入的独热编码从二维向量reshape为三维张量,其中第二个维度是时间步数,第三个维度是每个时间步上的输入维度(即四个血型编码)。

  1. 如果您还没有将输入数据转换为独热编码,可以使用以下代码转换为独热编码,并将其reshape成期望的形状:
from keras.utils import to_categorical
X = to_categorical(X)
X = np.reshape(X, (X.shape[0], X.shape[1], 4))

这个操作将把输入数据转换为独热编码

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