是的，一个应用程序的 android.app.Application 子类的 onCreate() 方法并不总是被调用。这通常是由于以下几个原因之一：

1. 应用程序的进程已经在之前启动过，并且仍然在运行中。在这种情况下，应用程序的进程不会重新创建，因此 onCreate() 方法也不会被调用。

2. 系统资源不足，导致系统决定终止应用程序的进程。在这种情况下，应用程序的进程会被销毁，并且在下次启动应用程序时重新创建。这时 onCreate() 方法会被调用。

为了确保 onCreate() 方法总是被调用，可以采取以下解决方法之一：

1. 在应用程序的 android.app.Application 子类中重写 onTerminate() 方法。onTerminate() 方法会在应用程序的进程被终止之前被调用。在该方法中，可以执行一些清理操作，并保存应用程序的状态。当下次启动应用程序时，onCreate() 方法会被调用。

public class MyApplication extends Application {

    @Override
    public void onTerminate() {
        super.onTerminate();
        // 在此处执行清理操作，并保存应用程序的状态
    }
}

2. 在 AndroidManifest.xml 文件中的 Application 标签中添加属性 android:alwaysRetainTaskState="true"。这会告诉系统保留应用程序的进程，即使系统资源不足。这样，应用程序的进程不会被销毁，onCreate() 方法也会被调用。

    ...

通过采取以上解决方法之一，可以确保应用程序的 android.app.Application 子类的 onCreate() 方法在大多数情况下都会被调用。