要从RecyclerView中获取所有选中的复选框的值并将其存储在Firebase中，您可以按照以下步骤进行操作：

1. 创建一个RecyclerView适配器，并在适配器中添加一个选中状态的布尔值列表来跟踪每个复选框的状态。

public class MyAdapter extends RecyclerView.Adapter {
    private List data;
    private List selectedList;
    
    public MyAdapter(List data) {
        this.data = data;
        selectedList = new ArrayList<>();
        for (int i = 0; i < data.size(); i++) {
            selectedList.add(false);
        }
    }
    
    // ...
    
    public class ViewHolder extends RecyclerView.ViewHolder {
        private CheckBox checkBox;
        
        public ViewHolder(View itemView) {
            super(itemView);
            checkBox = itemView.findViewById(R.id.checkbox);
            
            checkBox.setOnClickListener(new View.OnClickListener() {
                @Override
                public void onClick(View view) {
                    int position = getAdapterPosition();
                    selectedList.set(position, checkBox.isChecked());
                }
            });
        }
    }
}

2. 在您的活动中，创建一个Firebase数据库引用，并在适当的时候将选中的值存储到数据库中。

public class MainActivity extends AppCompatActivity {
    private DatabaseReference databaseReference;
    private MyAdapter adapter;
    
    @Override
    protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
        super.onCreate(savedInstanceState);
        setContentView(R.layout.activity_main);
        
        // 初始化Firebase数据库引用
        databaseReference = FirebaseDatabase.getInstance().getReference();
        
        // 初始化RecyclerView和适配器
        RecyclerView recyclerView = findViewById(R.id.recycler_view);
        recyclerView.setLayoutManager(new LinearLayoutManager(this));
        List data = new ArrayList<>();
        // 添加数据到data列表中
        adapter = new MyAdapter(data);
        recyclerView.setAdapter(adapter);
        
        // 将选中的值存储到Firebase中
        Button saveButton = findViewById(R.id.save_button);
        saveButton.setOnClickListener(new View.OnClickListener() {
            @Override
            public void onClick(View view) {
                List selectedValues = new ArrayList<>();
                for (int i = 0; i < adapter.selectedList.size(); i++) {
                    if (adapter.selectedList.get(i)) {
                        selectedValues.add(adapter.data.get(i));
                    }
                }
                
                // 存储选中的值到Firebase中
                databaseReference.child("selectedValues").setValue(selectedValues);
            }
        });
    }
}

请注意，上述代码仅提供了一个概念性的示例，并且需要根据您的实际需求进行适当的更改和调整。此外，您还需要在您的项目中添加Firebase数据库的依赖项。