如果在Android中使用Manifest和Dagger时，自定义的Application类被忽略了，可以尝试以下解决方法：

1. 确保自定义Application类正确配置在Manifest文件中的application标签中，例如：

...

2. 检查自定义Application类的代码是否正确实现了Application接口，例如：

public class YourApplicationClassName extends Application {
    ...
}

3. 如果你使用了Dagger依赖注入框架，确保在自定义Application类中正确初始化Dagger组件，例如：

public class YourApplicationClassName extends Application {
    private AppComponent appComponent;

    @Override
    public void onCreate() {
        super.onCreate();

        appComponent = DaggerAppComponent.builder()
            .applicationModule(new ApplicationModule(this))
            .build();
    }

    public AppComponent getAppComponent() {
        return appComponent;
    }
}

4. 在需要使用自定义Application类的地方，确保正确获取自定义Application类的实例，例如：

public class YourActivity extends AppCompatActivity {
    private YourApplicationClassName application;

    @Override
    protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
        super.onCreate(savedInstanceState);

        application = (YourApplicationClassName) getApplication();
    }
}

通过以上方法，你应该能够解决Manifest和Dagger忽略自定义Application类的问题。