要解决“BizTalk 2016 FP 3 CU6和TLS 1.2不工作”的问题，您可以尝试以下解决方法：

1. 确保系统已启用TLS 1.2协议。可以通过以下代码示例来检查和启用TLS 1.2：

ServicePointManager.SecurityProtocol = SecurityProtocolType.Tls12;

2. 更新BizTalk 2016 FP 3 CU6版本。可能存在某些问题或错误，可能已在更高版本中修复。

3. 检查BizTalk 2016 FP 3 CU6是否已安装正确。重新安装或升级BizTalk 2016版本，以确保安装过程正确完成。

4. 检查相关的网络配置和防火墙设置。确保BizTalk服务器可以与TLS 1.2通信，防火墙不会阻止TLS 1.2协议。

5. 检查所使用的第三方组件或库是否支持TLS 1.2。如果使用的组件或库不支持TLS 1.2，则可能需要升级或更换为支持TLS 1.2的替代组件。

6. 检查BizTalk应用程序代码中的相关配置和代码。确保使用了正确的TLS 1.2配置和代码，以便与TLS 1.2通信。

请注意，这些解决方法是基于常见的问题和解决方法，可能不适用于所有情况。您可能需要进一步调查和针对具体问题采取适当的解决方法。