在BizTalk 2016中，BtsControl.exe不再可用，而是使用PowerShell脚本来停止指定的BizTalk应用程序。下面是一个示例脚本：

# 导入BizTalk PowerShell模块
Import-Module -Name 'C:\Program Files (x86)\Microsoft BizTalk Server 2016\SDK\Utilities\Management\BizTalkFactory.Management.Automation.dll'

# 设置BizTalk应用程序名称
$applicationName = "YourBizTalkApplication"

# 获取BizTalk应用程序对象
$application = Get-ChildItem -Path "BizTalk:\Applications" | Where-Object { $_.Name -eq $applicationName }

# 检查是否找到应用程序
if ($application -ne $null) {
    # 关闭应用程序
    $application.Stop()
    Write-Host "BizTalk application $applicationName has been stopped."
} else {
    Write-Host "BizTalk application $applicationName not found."
}

将上述代码保存为.ps1文件，然后在PowerShell中运行该脚本即可停止指定的BizTalk应用程序。请确保将"YourBizTalkApplication"替换为实际的BizTalk应用程序名称。