要使用Biopython下载.PDB文件,您需要使用urllib.request或requests模块来获取文件。以下是一个示例代码,演示如何使用requests模块下载.PDB文件:
import requests
def download_pdb_file(pdb_id, save_path):
url = f"https://files.rcsb.org/download/{pdb_id}.pdb"
response = requests.get(url)
with open(save_path, "wb") as f:
f.write(response.content)
print(f"PDB file {pdb_id}.pdb downloaded successfully!")
# 调用示例
pdb_id = "1AK4"
save_path = "1AK4.pdb"
download_pdb_file(pdb_id, save_path)
在上面的代码中,我们定义了一个download_pdb_file
函数,该函数接受PDB文件的ID和保存路径作为参数。然后,我们使用requests模块发送一个GET请求,获取.PDB文件的内容。最后,我们将内容写入指定的保存路径。