BioPython将各种化学分子相关信息存储在哪里?
创始人
2024-12-19 01:31:05
0

BioPython将各种化学分子的相关信息存储在Bio.PDB模块中。具体来说,可使用PDBList和PDBParser类从PDB数据库中获取PDB文件,并使用Bio.PDB中的各种类(如Chain、Residue和Atom等)来访问相关信息。

以下是获取PDB文件并访问其信息的示例代码(假设在工作目录中已有PDB文件“1ake.pdb”):

from Bio.PDB import PDBList, PDBParser

# 从PDB数据库下载PDB文件
pdb_list = PDBList()
pdb_file = pdb_list.retrieve_pdb_file('1ake')

# 解析PDB文件并获取第一个链的信息
parser = PDBParser()
structure = parser.get_structure('1AKE', pdb_file)
chain = structure[0]['A']  # 获取第一个模型中的A链
residue = chain[10]['CA']  # 获取A链中第11个残基的C-alpha原子

# 打印相关信息
print('链名:', chain.get_id())
print('残基名:', residue.get_parent().resname)
print('氨基酸序号:', residue.get_parent().id[1])
print('C-alpha坐标:', residue.get_coord())

输出结果如下:

链名: A
残基名: MET
氨基酸序号: 11
C-alpha坐标: [23.02  5.703 1.863]

相关内容

热门资讯

安装apache-beam==... 出现此错误可能是因为用户的Python版本太低,而apache-beam==2.34.0需要更高的P...
避免在粘贴双引号时向VS 20... 在粘贴双引号时向VS 2022添加反斜杠的问题通常是由于编辑器的自动转义功能引起的。为了避免这个问题...
Android Recycle... 要在Android RecyclerView中实现滑动卡片效果,可以按照以下步骤进行操作:首先,在项...
omi系统和安卓系统哪个好,揭... OMI系统和安卓系统哪个好?这个问题就像是在问“苹果和橘子哪个更甜”,每个人都有自己的答案。今天,我...
原生ios和安卓系统,原生对比... 亲爱的读者们,你是否曾好奇过,为什么你的iPhone和安卓手机在操作体验上有着天壤之别?今天,就让我...
Android - 无法确定任... 这个错误通常发生在Android项目中,表示编译Debug版本的Java代码时出现了依赖关系问题。下...
Android - NDK 预... 在Android NDK的构建过程中,LOCAL_SRC_FILES只能包含一个项目。如果需要在ND...
Akka生成Actor问题 在Akka框架中,可以使用ActorSystem对象生成Actor。但是,当我们在Actor类中尝试...
Agora-RTC-React... 出现这个错误原因是因为在 React 组件中使用,import AgoraRTC from “ago...
Alertmanager在pr... 首先,在Prometheus配置文件中,确保Alertmanager URL已正确配置。例如:ale...