Biopython读取nexus树时出现Missing','inline
创始人
2024-12-19 01:01:37
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在读取nexus树文件时，分割树的括号表达式时需要将“,”当作分隔符，如果树文件中缺少了“,”，会导致Biopython无法正确地读取树的结构。因此，可以手动添加缺失的“,”或使用正则表达式等方法进行修复。以下是示例代码：

from Bio import Phylo

# 读取nexus树文件
tree = Phylo.read("example.nexus", "nexus")

# 遍历树的所有分支，修复缺失的“,”
for clade in tree.get_terminals() + tree.get_nonterminals():
    clade.branch_length = clade.branch_length or 0
    clade.name = clade.name.replace("):", "):,")

# 打印修复后的树结构
Phylo.draw_ascii(tree)

在上述代码中，我们使用了替换方法将缺失的“)”和“,”进行添加，这可以修复缺失“,”的问题。如果你有更复杂的树结构需要修复，建议使用正则表达式等方法来进行处理。

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