当使用BioPython的KEGG REST接口时,可能会遇到HTTP错误403:禁止访问的问题。这通常是因为KEGG对于公共用户的访问有一定的限制。以下是一种解决方法,可以通过添加用户代理来解决这个问题。
from Bio.KEGG.REST import kegg_get
# 添加用户代理
from urllib.request import urlopen
opener = urlopen
opener.addheaders = [('User-agent', 'Mozilla/5.0')]
# 使用添加了用户代理的opener来获取KEGG数据
kegg_get._opener = opener
# 通过KEGG REST获取数据
response = kegg_get('br:br08303')
# 打印结果
print(response.read())
在上面的代码中,我们使用urllib.request.urlopen
创建了一个opener,并添加了一个用户代理。然后,我们将这个opener赋值给BioPython的KEGG REST接口的_opener
属性,以便使用添加了用户代理的opener来获取数据。
这样,我们就可以在使用BioPython的KEGG REST接口时避免HTTP错误403:禁止访问的问题。请注意,这种方法仅适用于非商业用途,如果需要进行商业用途的访问,需要向KEGG申请相应的许可。