biomaRtgetBM因为getNodeSet{XML}错误无法工作。
创始人
2024-12-19 00:30:32
0次

出现此问题是因为 XML 包在更新后可能出现了问题。可以使用以下步骤解决：

  1. 降级 XML 包版本到 3.98-1.19 或更早的版本：
# 安装指定版本的XML包
require(devtools)
install_version("XML", version = "3.98-1.19")
  1. 将 biomaRt 包降级到 2.26.1 或更早的版本：
# 安装指定版本的biomaRt包
require(devtools)
install_version("biomaRt", version = "2.26.1")
  1. 使用 getNodeSetNS 函数代替 getNodeSet 函数：
# 使用getNodeSetNS函数代替getNodeSet函数
myXml = xmlParse(..., useInternalNodes = TRUE)
getNodeSetNS(myXml, "//ns:result")

如果您需要使用较新版本的 XML 包，则可以考虑使用其他 R 包来访问 BioMart 数据库，例如：

  • Biomartr
  • UniprotAPI

这些包提供与 biomaRt 相似的功能，并能避免此错误。

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