在使用Bio.Phylo进行绘图时，可以使用标签颜色来区分不同分支的样本。具体方法是在Phylo.draw函数中指定label_colors参数，将样本名称与颜色一一对应。

示例代码：

from Bio import Phylo
import matplotlib.pyplot as plt

# 读取树文件
tree = Phylo.read("example.nwk", "newick")

# 定义样本名称与颜色的对应关系，字典键为样本名称，值为颜色
label_colors = {'sample1': 'red', 'sample2': 'green', 'sample3': 'blue'}

# 绘制树，并使用label_colors参数指定标签颜色
fig, ax = plt.subplots(figsize=(8, 10))
Phylo.draw(tree, label_colors=label_colors, axes=ax)

# 显示图像
plt.show()

在上述示例代码中，首先读取了一个树文件，然后定义了样本名称与颜色的对应关系。最后使用Phylo.draw函数绘制树，其中label_colors参数指定了标签颜色。在该示例中，样本1的标签颜色为红色，样本2的颜色为绿色，样本3的颜色为蓝色。