在Snakemake中,我们可以使用输出函数(output function)来并行化输入函数(input function)的输出。下面是一个示例:
from snakemake import shell
# 输入函数:根据输入文件生成输出文件列表
def input_function(wildcards):
# 模拟根据wildcards生成输入文件列表的过程
input_files = [f"input_{i}.txt" for i in range(1, 5)]
return input_files
# 输出函数:根据输入文件生成输出文件列表
def output_function(input_files):
# 模拟根据输入文件生成输出文件列表的过程
output_files = [f"output_{i}.txt" for i in range(1, 5)]
return output_files
# 并行化输出函数的调用
output_files = output_function(input_function(wildcards))
# 构建Snakemake规则
rule all:
input:
output_files
rule some_rule:
input:
input_files = input_function,
output:
output_files = output_function
shell:
"command {input} {output}"
在上面的示例中,我们定义了一个输入函数input_function
和一个输出函数output_function
。在some_rule
规则中,我们使用输入函数input_function
来生成输入文件列表,并使用输出函数output_function
来生成输出文件列表。在all
规则中,我们指定了所有的输出文件作为Snakemake的目标。
通过这种方式,我们可以并行化Snakemake中输入函数的输出,从而提高作业的并行性能。
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