并行化使用OpenMP的Needleman-Wunsch算法
创始人
2024-12-18 18:01:02
0

Needleman-Wunsch算法是一种常用于比对两个字符串的算法。该算法的串行实现效率较低,因此可以通过使用OpenMP进行并行化来提高效率。

以下是基于OpenMP的Needleman-Wunsch算法的示例代码:

#include 
#include 
#include 
#include 

int max(int a, int b, int c) {
    int m = a;
    if (b > m) m = b;
    if (c > m) m = c;
    return m;
}

int main() {
    char *s1 = "AGTACGCA";
    char *s2 = "TATGC";

    int n = strlen(s1);
    int m = strlen(s2);

    int **score = (int**) calloc(n+1, sizeof(int*));
    for (int i = 0; i <= n; i++) {
        score[i] = (int*) calloc(m+1, sizeof(int));
    }

    int gap_penalty = -2;
    int match_score = 2;
    int mismatch_score = -1;

    double start_time = omp_get_wtime();

    // Initialize the score matrix
    for (int i = 1; i <= n; i++) {
        score[i][0] = i * gap_penalty;
    }
    for (int j = 1; j <= m; j++) {
        score[0][j] = j * gap_penalty;
    }

    // Compute the score matrix
    #pragma omp parallel for
    for (int i = 1; i <= n; i++) {
        for (int j = 1; j <= m; j++) {
            int match = score[i-1][j-1] + (s1[i-1] == s2[j-1] ? match_score : mismatch_score);
            int delete = score[i-1][j] + gap_penalty;
            int insert = score[i][j-1] + gap_penalty;
            score[i][j] = max(match, delete, insert);
        }
    }

    double end_time = omp_get_wtime();
    printf("Time: %f\n", end_time - start_time);

    // Print the score matrix
    for (int i = 0; i <= n; i++) {
        for (int j = 0; j <= m; j++) {
            printf("%d ", score[i][j]);
        }
        printf("\n");
    }

    // Free memory
    for (int i = 0; i <= n; i++) {
        free(score[i]);
    }
    free(score);

    return 0;
}

在此示例中,我们使用OpenMP的“parallel for”指令并行化了计算得分矩阵的循环。因此,对于每个i,j的组合,都会生成一个线程来计算它们的得分。

值得注意的是,并行化Needleman-Wunsch算法并不能总是

相关内容

热门资讯

安卓换鸿蒙系统会卡吗,体验流畅... 最近手机圈可是热闹非凡呢!不少安卓用户都在议论纷纷,说鸿蒙系统要来啦!那么,安卓手机换上鸿蒙系统后,...
app安卓系统登录不了,解锁登... 最近是不是你也遇到了这样的烦恼:手机里那个心爱的APP,突然就登录不上了?别急,让我来帮你一步步排查...
安卓系统拦截短信在哪,安卓系统... 你是不是也遇到了这种情况:手机里突然冒出了很多垃圾短信,烦不胜烦?别急,今天就来教你怎么在安卓系统里...
安卓系统要维护多久,安卓系统维... 你有没有想过,你的安卓手机里那个陪伴你度过了无数日夜的安卓系统,它究竟要陪伴你多久呢?这个问题,估计...
windows官网系统多少钱 Windows官网系统价格一览:了解正版Windows的购买成本Windows 11官方价格解析微软...
安卓系统如何卸载app,轻松掌... 手机里的App越来越多,是不是感觉内存不够用了?别急,今天就来教你怎么轻松卸载安卓系统里的App,让...
怎么复制照片安卓系统,操作步骤... 亲爱的手机控们,是不是有时候想把自己的手机照片分享给朋友,或者备份到电脑上呢?别急,今天就来教你怎么...
安卓系统应用怎么重装,安卓应用... 手机里的安卓应用突然罢工了,是不是让你头疼不已?别急,今天就来手把手教你如何重装安卓系统应用,让你的...
iwatch怎么连接安卓系统,... 你有没有想过,那款时尚又实用的iWatch,竟然只能和iPhone好上好?别急,今天就来给你揭秘,怎...
iphone系统与安卓系统更新... 最近是不是你也遇到了这样的烦恼?手机更新系统总是失败,急得你团团转。别急,今天就来给你揭秘为什么iP...