要避免自动合并Git冲突并在不同分支中修改相同文件时发出警告，可以使用以下方法：

1. 使用Git钩子(pre-commit钩子或pre-push钩子)来检查文件是否在不同分支中进行了修改。可以在项目的.git/hooks目录下创建一个pre-commit或pre-push文件，并添加以下代码：

#!/bin/sh

# 获取当前分支名
current_branch=$(git symbolic-ref --short HEAD)

# 检查是否有其他分支中修改了相同的文件
if git diff --name-only origin/${current_branch} | grep -q ; then
    echo "警告：当前分支和其他分支中都修改了相同文件！"
    exit 1 # 阻止提交或推送
fi

将上述代码中的替换为你要检查的文件名。这段代码将在提交或推送时检查当前分支和远程仓库中其他分支的差异，并输出警告信息。

2. 使用Git属性配置来指定冲突解决策略。在项目根目录下创建一个名为.gitattributes的文件，并添加以下内容：

 merge=ours

将上述代码中的替换为你要指定的文件名。这将告诉Git在合并冲突时始终使用当前分支的版本（即ours策略），而不是自动合并冲突。

请注意，以上两种方法都需要根据你的项目和需求进行适当的修改和配置。