可使用Python的difflib库来比较两个文件并找出相同的行。下面是一个示例代码：

import difflib

# 定义两个文件路径
file1 = 'file1.txt'
file2 = 'file2.txt'

# 将两个文件读取为字符串列表
with open(file1) as f:
    file1_lines = f.readlines()
with open(file2) as f:
    file2_lines = f.readlines()

# 使用difflib库获取相同的行号
s = difflib.SequenceMatcher(None, file1_lines, file2_lines)
same_lines = [i for (i, j, n) in s.get_matching_blocks()]

# 将相同行注释，并输出到新文件中
with open('result.txt', 'w') as f:
    for i, line in enumerate(file1_lines):
        if i in same_lines:
            f.write("#" + line)
        else:
            f.write(line)

这个示例代码将file1和file2两个文件的相同行注释，并将结果输出到result.txt文件中。