我们可以使用Python中的文件操作和集合操作来解决这个问题。

首先，我们可以打开两个文件并逐行读取它们。然后，我们可以使用集合操作来获取两个文件的唯一行。最后，我们可以将结果写入一个新文件。

以下是Python代码示例：

# 打开文件并将文件的每一行读取到 set 中
with open('file1.txt', 'r') as f1, open('file2.txt', 'r') as f2:
    lines1 = set(f1.readlines())
    lines2 = set(f2.readlines())

# 获取两个文件的唯一行
unique_lines1 = lines1 - lines2
unique_lines2 = lines2 - lines1

# 将唯一行写入一个新文件
with open('unique-lines.txt', 'w') as f:
    f.writelines(unique_lines1)
    f.writelines(unique_lines2)

在此代码示例中，我们首先使用 with 语句打开两个文件并逐行读取它们。然后，我们将每一行读取到一个 set 中。

接下来，我们使用集合操作来获取唯一行。我们首先使用 - 运算符来获取 lines1 中仅包含在 lines2 中的行（即我们想要保留的行）。同样地，我们使用 - 运算符来获取 lines2 中仅包含在 lines1 中的行。

最后，我们使用 with 语句打开一个新文件并将唯一行写入该文件。

使用此代码示例，您可以轻松比较两个文件并删除它们的共同行。