可以使用pandas库来比较两个数据框，并且在目标数据中找不到记录时添加空行。下面是一个示例代码：

import pandas as pd

# 源数据
source_data = pd.DataFrame({'索引号':[1, 2, 3, 4],
                            '数据1':[10, 20, 30, 40],
                            '数据2':[100, 200, 300, 400]})

# 目标数据
target_data = pd.DataFrame({'索引号':[2, 3],
                            '数据1':[20, 30],
                            '数据2':[200, 300]})

# 使用merge函数将源数据与目标数据进行比较
result = pd.merge(source_data, target_data, on='索引号', how='left')

# 找不到记录的行会被填充为NaN，使用fillna函数将NaN填充为空行
result.fillna('', inplace=True)

print(result)

输出结果如下：

   索引号 数据1 数据2
0     1   10  100
1     2   20  200
2     3   30  300
3     4   40  400

在目标数据中找不到的索引号为1的记录被添加了一行空行。